Communautés microbiennes en Arctique : sources, dynamique et interactions chimiques

Titre : Communautés microbiennes en Arctique : sources, dynamique et interactions chimiques

Laboratoire de rattachement : LGGE

Encadrant :
Aurélien Dommergue
Catherine Larose

Lieu de stage : Lab Ampère, Lyon, avec des déplacements au LGGE, Grenoble

Objectifs : Explorer les interactions entre l’atmosphère, la neige et la glace de mer afin de déterminer les sources de microorganismes et de nutriments dans les différents compartiments de l’Arctique à partir d’échantillons ADN et ARN

Cadre :
Ce sujet se place dans le cadre d’une collaboration entre le LGGE et le Groupe de génomique environnementale du Laboratoire AMPERE à l’Ecole Centrale Lyon.

Description du stage :
Au sein de la biosphère, les écosystèmes polaires sont aujourd’hui soumis à une pression anthropique forte, qu’elle soit locale par l’exploitation de ressources ou plus globale par le transport longue distance de contaminants. Ces apports nutritifs et contaminants, associés à un changement climatique exacerbé engendrent des perturbations mal comprises au sein des écosystèmes arctiques et de leurs composantes, telles que la neige et la glace de mer. Ces environnements arctiques se révèlent être des habitats pour une diversité remarquable de formes de vie microbienne adaptées à survivre sous des conditions extrêmes. La connaissance du mode de fonctionnement de la neige et de la glace de mer constitue un défi scientifique incontournable si l’on s’intéresse aux cycles biogéochimiques et aux changements globaux. Or, très peu est connu sur la constitution chimique et microbiologique de ses environnements ainsi que l’interaction entre ces deux habitats.

Approches et matériel utilisés :
Nous avons collecté des échantillons de neige, de glace de mer et d’air pendant 2 semaines sur la côte Est du Groenland en mars 2014. Nous disposons de données chimiques et les filtres sont actuellement conservés à -80°C. Une partie des travaux s’effectuera au laboratoire AMPERE à Lyon.

Prérequis - compétences recherchées :
des bases en microbiologie, un fort intérêt pour le travail interdisciplinaire, s’intégrer dans des équipes de différentes cultures, être autonome, savoir prendre des initiatives, rédiger et présenter de manière synthétique.

Références pertinentes :

• Larose, C., Dommergue, A., and Vogel, T. M. : The Dynamic Arctic Snow Pack : An Unexplored Environment for Microbial Diversity and Activity, Biology, 2, 317-330, 10.3390/biology2010317, 2013.
• Larose, C., Prestat, E., Cecillon, S., Berger, S., Malandain, C., Lyon, D., Ferrari, C., Schneider, D., Dommergue, A., and Vogel, T. M. : Interactions between Snow Chemistry, Mercury Inputs and Microbial Population Dynamics in an Arctic Snowpack, Plos One, 8, e79972, 10.1371/journal.pone.0079972, 2013.
• Larose, C., Dommergue, A., and Vogel, T. M. : Microbial nitrogen cycling in Arctic snowpacks, Environ. Res. Lett., 8, 035004, doi:10.1088/1748-9326/8/3/035004, 2013.